Für jedes Nationale Forschungsprogramm (NFP) setzt der Nationale Forschungsrat eine Leitungsgruppe ein. Ihre Mitglieder zeichnen sich durch ihre wissenschaftliche Kompetenz und Erfahrung in anwendungsorientierter Forschung aus. Die Leitungsgruppe ist für die Durchführung des NFP verantwortlich. Über die gesamte Programmdauer hinweg ist sie vornehmlich strategisch tätig. Sie verleiht dem NFP sein spezifisches Profil und bietet Gewähr für die nötige Kontinuität und Kohärenz. Die Leitungsgruppe koordiniert die Einzelprojekte, evaluiert die Zwischen- und Schlussberichte und ist für die Umsetzung der Ergebnisse zuständig. Am Schluss des Programms präsentiert sie den Mehrwert des NFP in einer Synthese.
Die Forschungsratsdelegierten vertreten den Nationalen Forschungsrat in den Leitungsgruppen. Sie sind für die Zusammenarbeit zwischen den beiden Organen zuständig, präsentieren dem Forschungsrat die Beschlüsse der Leitungsgruppe und beantragen deren Genehmigung.
Die Programmkoordinatorinnen und Programmkoordinatoren sind für das operationelle Management des NFP verantwortlich. Sie legen einen Zeitplan und die Meilensteine des Programms fest, koordinieren die Tätigkeiten der NFP-Akteure und informieren die Forschungsgruppen über die neuen Entwicklungen im Programm.
Die Leiterinnen und Leiter Wissenstransfer definieren die Umsetzungsstrategie des NFP. Sie schlagen eine Brücke zwischen Wissenschaft und Praxis, unterstützen und beraten die Projektverantwortlichen bei ihren Kontakten mit Anwenderinnen und Anwendern und machen die Ergebnisse der Forschung den Zielgruppen bekannt.
Die Bundesbeobachterinnen und Bundesbeobachter bauen in der Verwaltung ein Netzwerk interessierter Ämter auf und bringen deren Anliegen in die Leitungsgruppe ein. Ferner sind sie für die Verbreitung der Ergebnisse der Forschung in der Verwaltung zuständig.
Der Programmbeirat – gebildet aus den wichtigen nationalen Wasserakteuren – berät die Leitungsgruppe und bringt dabei die Anliegen von Politik, Behörden, Wirtschaft und Zivilgesellschaft ein. Er begleitet auch die Umsetzungs- und Öffentlichkeitsarbeit und soll bei der Synthese der wissenschaftlichen Erkenntnisse einbezogen werden.