​Die Leitungsgruppe war verantwortlich für die Umsetzung – von der Projektauswahl über die wissenschaftliche Qualitätssicherung bis hin zur Herausgabe der Programmsynthese.

Die operationelle Leitung lag bei der Programmkoordinatorin und dem Präsidenten der Leitungsgruppe. Die Leiterin Wissensaustausch sorgte für die Bekanntmachung der Forschungsergebnisse bei den Anspruchsgruppen.

Die oberste Verantwortung für das NFP trug der Nationale Forschungsrat des SNF. Die Delegierte des Forschungsrats stellte die Verbindung zwischen Forschungsrat und Leitungsgruppe sicher.

Mitglieder der Leitungsgruppe:

• Prof. em. Christian Leibundgut (Präsident), Institut für Hydrologie IHF, Universität Freiburg i.Br
• Prof. Günter Blöschl, Institut für Wasserbau und Ingenieurhydrologie, Technische Universität Wien
• Prof. Dietrich Borchardt, Department Aquatische Ökosystemanalyse, Helmholtz Zentrum für Umweltforschung UFZ, Leipzig
• Ing. dipl. EPF Ulrich Bundi, ehemals EAWAG, Dübendorf (bis Januar 2013)
• Prof. Bernd Hansjürgens, Fachbereich Sozialwissenschaftliche Umweltforschung, Departement Ökonomie, Helmholtz Zentrum für Umweltforschung UFZ, Leipzig
• Prof. Bruno Merz, Direktor Departement Geoengineering, GeoFoschungsZentrum, Potsdam
• Prof. i.R. (Universität Wien) Franz Nobilis, Ministerialrat im Lebensministerium (Sektion Wasser, Hydrographisches Zentralbüro), Wien

Delegierte der Abteilung IV des Nationalen Forschungsrats:

• Prof. Nina Buchmann, ETH Zürich

Leiterin Wissensaustausch:

• Dr. Patricia Fry, Wissensmanagement Umwelt GmbH, Zürich

Bundesvertreter:

• PD Dr. Stephan Müller, Direktor der Abteilung Wasser, Bundesamt für Umwelt BAFU, Bern

Programmkoordinatorin:

• Dr. Barbara Flückiger Schwarzenbach, SNF, Bern

Mitglieder des Programmbeirats:

• Dr. Christoph Böbner, Leiter Dienststelle für Landwirtschaft und Wald, Kanton Luzern
• Katharina Dobler, Vorsteherin Abteilung Kantonsplanung, Amt für Gemeinden und Raumordnung, Justiz-, Gemeinde- und Kirchendirektion, Kanton Bern (bis 2013)
• Dr. Anton Kilchmann, Direktor Schweizer. Verein des Gas- und Wasserfaches (SVGW)
• PD Dr. Stefan Müller, Leiter Abteilung Wasser, Bundesamt für Umwelt (BAFU)
• Roger Pfammatter, Direktor Schweizerischer Wasserwirtschaftsverband (SWV)
• Moritz Steiner, Dienstchef Dienststelle für Energie und Wasserkraft, Kanton Wallis
• Adèle Thorens Goumaz, Nationalrätin VD, Grüne
• Luca Vetterli, Pro Natura
• Hansjörg Walter, Nationalrat TG, SVP
• Martin Würsten, Leiter Amt für Umwelt, Kanton Solothurn